对于BIS监测，BIS可靠性一直受到质疑，部分原因是因为其的计算不依赖于大脑如何行驶职能或意识如何产生的基本生理模型。此外，BIS值对几种常用麻醉剂不敏感，如氯胺酮和一氧化二氮，而两者具有不同的引起意识丧失的药理作用机制。因此，并不能说BIS是一个“知晓”监测器，因为监测器能够指示某些类型药物的作用。有很多因素都可能潜在影响BIS监测，如药物、代谢性疾病、体温过低、头部外伤、自然睡眠等。
在临床研究方面，BIS指数监测的有效性仍存在争论。研究显示，在标准实践中，与使用临床体征指导麻醉用药的对照组相比，BIS监测显著降低知晓风险。还有研究比较了BIS监测与呼出麻醉气体监测指导GA管理，但在术中知晓方面未显示出差异。
关于BIS对清醒志愿者神经肌肉阻滞反应的另一项研究表明，对于接受神经肌肉阻滞剂的患者，BIS可能不是一个可靠的知晓指标。另一项研究也证明，BIS不能检测完全瘫痪受试者的知晓状态。这也表明在瘫痪患者中，BIS检测或不能可靠地指示出镇静作用下降和即将出现的知晓。
总之，BIS尚未被证实可用于测量意识状态，独立于上述引起意识下降的原因。尽管各个患者的一般临床状态差异很大，预后也可能有所不同，但并非所有无意识患者都会出现低BIS值，并非所有有意识的患者具有高BIS值。
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